漕运总督作为从一品大员节制兵丁共3400人，分左、中、右、城守、水师七营。
除这七营兵外，运军也归漕运总督节制。
只是由于运军被漕帮渗透且分布在上千里运河段原因，导致运军只能当作押船护卫人员使用，根本无法有效集结执行军事任务。
所以，运军实际名存实亡。
不过漕运总督也可调动沿运河一带驻防的绿营，从二品副将以下都可调遣。
前明和清初时，漕运总督还兼凤庐巡抚，管理现在江苏长江以北和安徽部分府州县，是实实在在的封疆大吏。
只如今却不能干涉地方事务，只对各省的督粮道有一定职权影响。
运河被断这么大的事，作为主管单位的漕运衙门怎么可能不知道。
早在第一天就有被漕帮劝返回淮安的船只向漕运衙门通报了消息，一开始漕运衙门也以为运河真的发生沉船，还派人过去准备和漕帮一起组织“抢修”。
但派去的人员却被漕帮给拦着不准接近，带队的巡漕叶主事长了个心眼绕到附近询问村民是否知道运河夜里有船只相撞，结果村民回答不曾听说，也没看见。
那叶主事又见漕帮人员对其“口多微词”，神情也极不友好，且对打捞沉船十分不积极，知道事情不对赶紧回淮安上报。
因不敢确定就是漕帮在故意阻断运河，叶主事措词用的比较委婉，以怀疑为主。
省得把话说死万一与事实不符，上面再把他训了。
现任漕运总督管干贞是乾隆三十一年的二甲进士，仕途很顺，在翰林院当了两年编修后就出任御史、侍郎，去年三月出任的漕运总督一职。
管总督为官是非常清廉的，担任御史谏官时纠劾满汉大员无所顾忌，出任漕督一年多以来也以干练公允著称。
有一件事就能证明管总督是清官。
眼下大清有两个总督没有向老太爷缴纳议罪银，一个就是这位管总督，另一位则是四川总督李世杰。
得知运河被断有可能是漕帮私下做的手脚后，管总督当即委派理漕参政吴文运前往调查处置。
这位吴参政就是勒索漕帮扬州分舵六万两