随着调查的深入，危险也步步紧逼。崔知夏的仵作房被人纵火，差点葬身火海；戚寒江在查案途中遭遇伏击，身负重伤。但这些都没有让他们退缩。崔知夏改良了托马斯神父留下的玻璃蒸馏器，将其变成破解密信的关键工具；戚寒江则利用自己的身份，在军中排查内奸。
决战发生在腊月二十。孔天禄等人计划在这一天里应外合，里通外国的朝鲜使臣将呈上一份暗藏杀机的密约，而倭寇船队则趁机突袭登州港。崔知夏站在新建的了望塔顶端，手中的蒸馏器已改造成巨大的凸透镜。阳光透过三棱镜面，在密约上聚焦。当\"助临海君篡位\"的字迹在烈焰中卷曲时，整个登州港陷入了前所未有的混乱。
孔天禄狗急跳墙，亲自率领死士进攻总兵府。崔知夏和戚寒江率领戚家军残部顽强抵抗。在混战中，崔知夏再次面对孔天禄。这个幕后黑手狞笑着说：\"你以为靠一个破蒸馏器就能阻止我们？太天真了！\"
但他低估了崔知夏对光学的理解。她转动蒸馏器，将阳光聚焦成灼热的光束，直刺孔天禄双眼。在对方的惨叫声中，崔知夏想起托马斯神父的话：\"光既能照亮真相，也能成为致命的武器。\"
这场战斗最终以明军的胜利告终，但代价惨重。戚寒江在战斗中为保护崔知夏，被流箭射中，不治身亡；王勇也在与倭寇的拼杀中壮烈牺牲。当硝烟散尽，崔知夏站在满目疮痍的登州港，望着手中残破的蒸馏器，泪水模糊了双眼。
十年后的今天，海神庙的钟声将崔知夏拉回现实。她轻轻抚摸着手记上的字迹，那些记录着无数生死瞬间的文字，早已被岁月浸染得发黄。远处，一艘商船缓缓驶入港口，船上悬挂的海东青旗帜随风飘扬。崔知夏的眼神瞬间锐利起来——虽然那场危机已经过去十年，但她知道，只要贪欲不灭，类似的阴谋就永远不会消失。
海风再次掠过她的鬓角，崔知夏将手记小心翼翼地收好。她转身走向海神庙，准备为那些在这场危机中逝去的人上香。庙门打开的瞬间，阳光倾泻而入，照亮了供桌上摆放的玻璃蒸馏器。那曾经见证过无数阴谋与真相的器物，如今静静地伫立在那里，仿佛在诉说着那段波澜壮阔的历史。而崔知夏也将带着这段记忆，继续守