鉴于天皇在京都集结大军，北条等人虽然不断派人打听，但是也没有查探到天皇的真实用意，即便天皇军队是来支援他们的，但是一旦天皇军队加入，战争甚至军队的指挥权就很难说了，而军队的效忠，正是武家政权统治甚至存在的根基。
出于这种考虑，尽管日莲法师一再要求镰仓方面向天皇称臣，哪怕是暂时或表面上的，以便集结一切力量抗元，北条倒是犹豫过，但是将领们基于当年“承久之乱”的教训，坚决不同意臣服天皇，几个别当和大番役甚至声泪俱下的讲述当年北条政子对武士们的告诫，北条只好作罢。
其实，这种担心也并非没有道理，后醍醐天皇的确准备利用这个时机把大权从幕府那里夺回，至于元寇，在京都看来，一旦整合了武家“御家武士”的力量，加上自己的皇军、护军、僧兵和效忠天皇的各藩的藩兵，足以把元寇赶走，或者至少取得一个不错的议和协议。
军政不能整合，甚至在元军到来时矛盾愈发激烈，水师更是不能一体作战，原时空里的“神风”没有出现，这个岛国顿时陷入危机之中，但是，由于其民骁勇好斗，民风政风都崇尚武力，跟弱宋完全不同，加上85以上的国土都是山地，元军想征服这种国家，也并不容易。
由于对京都的不放心，集结在镰仓和京都附近的9万御家武士和十余万藩兵、足轻只派出了不到三分之二前往出云和备后，其余的大部分仍布防在京都周围。
日莲法师见状，长叹一声，他似乎预感到什么，他是被灭国之人，当然非常清楚元军的实力和蒙元中的杰出人物的本事，但他也不想再逃。
正好此时天皇侍臣找到他，因为后醍醐天皇是深信朱子之学的人，日莲当然精通朱子之学，同时他又了解元寇的情况和幕府的情况，是京都方面极为重视的人。
如今见北条不听日莲法师之言，法师与幕府渐行渐远，马上派人与法师接洽，在侍臣拿出天皇手书，尊日莲为国师的手诏后，日莲也不是迂腐之人，他已经看出在这场卫倭国战争中，幕府众人由于过于僵硬，必将以失败告终。
能驱除元寇的，只有天皇，他稍微思考了一下，提了几个条件，在得到