公元383年，前秦与南方的东晋展开淝水之战，前秦号称80万的大军惨败而归，北方再次陷入分裂。曾经的部落政权纷纷复国，刘库仁在对抗后燕期间战死，拓跋珪失去了重要的安全保障。
刘库仁的死让拓跋珪的处境更加危险，野心家们开始蠢蠢欲动，拓跋珪作为代国王室后裔，自然成为众矢之的。首当其冲的是刘库仁的侄子刘显。
两年后，刘显杀死了接管父亲势力的叔父，并预谋杀害拓跋珪以自立为王。
幸运的是，此事被刘显的手下泄露，拓跋珪在母亲的帮助下逃往母族贺兰部。然而，他的舅舅贺兰部首领贺染干也曾多次试图杀害他，幸好有人告密，拓跋珪才得以幸免。
公元386年2月，15岁的拓跋珪在支持者的拥护下复立为代王，同年5月改国号为魏，史称北魏，以代国的盛乐为都城。
然而，拓跋珪所面临的局势依然内忧外患。他的叔父拓跋觚为了争夺王位，勾结刘显，导致北魏内部政权动荡不安。
时，北魏外部四面环敌，形势十分严峻。
为了应对这一局面，拓跋珪与后燕结盟并获得了战略援助。
同年10月，拓跋珪的叔父拓跋觚率军逼近，拓跋珪与后燕军队会合，大败敌军，拓跋觚逃至贺兰部被杀。拓跋珪吞并了其部众后，逐渐有了独立对外作战的实力。
在随后的四年里，他先后打败了独孤部、没歌部以及高车部等部落。独孤部的刘显被迫投靠后燕，高车部的人口和牲畜共计20多万，尽归北魏所有。
公元391年，20岁的拓跋珪已经在逆境中越发强大，开始对不肯投降的柔然发起进攻。
柔然因抵抗不力而率众退避，拓跋珪如饿狼般紧追不舍，甚至在没有军粮的情况下宰马为食，最终逼得柔然首领弃兵投降。
此后，拓跋珪又将矛头指向世仇匈奴铁弗部，在黄河溺死匈奴5000多人，铁弗部首领单于刘卫辰在逃亡途中被手下杀死。至此，拓跋珪击败了大部分强敌，成为北方最强的势力之一。