元军战船四散而逃，使得追击变得也不容易。霹雳军的战舰只得往敌船数量多方向追击，目标也是抓大放小，毕竟敌船越大航速越慢，俘获物也越多越有价值。不管船只还是俘虏，都是霹雳军所紧缺的。此次海战南海舰队只有三百余艘，在交战之中损伤了三十余艘，再扣除南下追击张弘范的战船和清理战场的战场，追击敌人的战舰数量仅在二百艘左右，而元军溃散的船只尚有近千艘。话说在半天的时间内，南海舰队便歼灭元军六百余艘战船，实在是个辉煌的胜利。
大部分元军战船选择退往澉浦，只不过他们赶到时，已有数艘霹雳军的轻护船堵住了通往港口的去路，还有几艘大型战舰在炮击岸上的元军。前有阻击后有追兵之下，不少元军选择了冲滩上岸以求得生路。有百余艘轻快船冲破霹雳军阻击，逃到了舟山岛。早在半月前，董文炳便派人前去攻打舟山，而岛上宋军早已闻风而逃，将这个贸易财税重地和临安外海的屏障拱手让给了敌人。除了逃往舟山外，不少元军轻快战船还逃入了钱塘江口，此处航道狭窄水文复杂，霹雳军主力战舰因怕搁浅而不敢进入，而轻快船也因怕敌人伏击而不敢深入。董文炳此前派去封锁的三百艘中小战船和五千人敌人，不是轻快船能对付的。