林修踏入的音乐宇宙正处于崩溃边缘。这里的音波具象化成为实体，却因失去平衡而互相吞噬。天空中漂浮的音符变成了噬人的怪物，地面流淌的旋律凝结成尖锐的利刃。他握紧手中仅剩的琴弦，感受到「旋律之心」在城市废墟深处跳动——那是维持这个宇宙最后的希望。
然而，暗渊文明的追兵也已抵达。他们驾驶着能将音波转化为武器的「频率收割者」战舰，发射出的音波炮能震碎一切物质。林修在废墟中穿梭，利用扭曲的旋律制造掩护，却在接近旋律之心时，遭遇了由音波怪物融合而成的「终焉咏者」。这头怪物的身体由不和谐的音符组成，每一次嘶吼都能撕裂空间。
林修闭上眼睛，将对音乐的纯粹热爱注入残缺的琴弦。他弹奏出超越乐理的「本源之音」，音符化作金色的凤凰，与终焉咏者的黑色音波展开激战。当凤凰的鸣叫响彻天际，旋律之心被唤醒，散发出柔和的光芒，净化了暴走的音波能量。林修将其收入怀中的瞬间，战舰的攻击接踵而至，他不得不再次踏上逃亡之路。
另一边，黑袍人首领在机械世界遭遇了更大的危机。这里的机械生命被暗渊文明改造，成为了冷酷的杀戮机器。他的混沌战斧在金属洪流中挥舞，却发现敌人越打越多。在寻找中枢密钥的过程中，他救下了一个反抗组织的少女——她的机械义眼中，藏着密钥的精确坐标。
两人并肩作战，突破了机械军团的重重防线。但在接近密钥时，少女突然露出真面目——她竟是暗渊文明的间谍，抢走密钥后启动了自毁程序。首领在爆炸的火光中飞身扑出，用最后的力量抓住密钥，却被气浪掀入熔岩深渊。千钧一发之际，他的混沌能量与密钥产生共鸣，在熔岩中开辟出一条生路。
凯洛的星瞳族之旅同样惊险。他回到的远古时代，光墟界域正遭受混沌生物的入侵。起源之石碎片被封印在圣殿深处，由十二位远古守护者看守。这些守护者早已被熵母的意志污染，将凯洛视为敌人。他挥舞封印钥匙，与守护者展开激战，却在战斗中逐渐理解了初代守护者的信念——平衡不是妥协，而是包容与牺牲。
当凯洛拿到碎片时，时空出现裂缝，暗渊文明的精锐部队穿越而来。他们的目标不仅是碎片，更是要