三人进入通道，来到了基地的核心区域。这里摆放着各种先进的基因实验设备，还有一个巨大的显示屏，上面显示着地球上各个地区动植物基因波动的数据以及那些神秘坐标的详细信息。
突然，一个熟悉的声音在基地内回荡：“你们以为能轻易揭开我们的秘密？太天真了。”说话的是一个曾经与黑暗势力有过关联的科学家，他为了追求基因技术的极致，不惜与神秘势力合作。
“你们到底在谋划什么？”杨远航愤怒地问道。科学家冷笑着说：“地球不过是我们的实验场，宇宙中那些神秘坐标处隐藏着强大的基因能量，我们要将这些能量据为己有，创造出无敌的基因战士，统治整个宇宙。”
原来，这个秘密基地一直在暗中收集地球上的基因数据，并通过对动植物基因的干扰，试图引发一场全球性的基因灾难，以此掩盖他们的真正目的。而那些神秘坐标处的能量，一旦被他们掌控，后果不堪设想。
就在杨远航等人与科学家对峙时，前往神秘坐标处的探测器发回了紧急信号。原来，其中一个坐标处出现了强大的能量波动，似乎有一股未知的势力正在试图开启能量节点，而这个能量节点一旦被打开，可能会引发连锁反应，导致整个宇宙的基因平衡被打破。
“我们必须立刻前往阻止他们！”小棠焦急地说道。他们决定先制服科学家，破坏基地的核心控制系统，然后迅速返回星际飞船，前往危险的坐标处。
经过一番激烈的战斗，他们终于成功制服科学家，关闭了基地的邪恶计划。随后，他们马不停蹄地登上星际飞船，向着神秘坐标进发。在星际航行中，他们与星耀取得联系，星耀表示将在途中与他们会合，共同应对这场危机。
当他们抵达神秘坐标处时，眼前的景象让他们震惊不已。一个巨大的能量旋涡正在形成，周围环绕着各种奇异的能量光束和神秘的符号。在能量旋涡的中心，有一艘巨大的黑暗飞船，一群神秘的身影正在操控着飞船，试图打开能量节点。
“他们已经快要成功了，我们必须赶快行动！”杨远航大喊道。他们迅速驾驶星际飞船靠近黑暗飞船，却遭到了对方的猛烈攻击。黑暗飞船发射出强大的能量炮，杨远航凭借高超的驾驶技术，在枪林弹雨