另外，郑成功与天地会之间也有很深的关系。
天地会又称为洪门，是抗清的秘密会社，其起源于何时，有种种说法。其中影响很广的一种说法，是郑成功创立天地会。根据这种说法，郑成功收复台湾之后，遂与诸将士于台湾金台山明远堂，以传统的结义形式，发誓反清复明，歃血为盟，是为天地会组织之初始，后又派蔡德忠、方大洪、马超兴、李色开、胡德帝等五人秘密潜伏到内陆，这五人后来成为\"洪门五祖”。
尽管这个传说不一定可靠，但是天地会与郑氏政权有着剪不断的联系，这恐怕是事实，从历史档案来看，天地会早期活动之范围，主要便是在台湾、闽南、粤东等郑成功的曾经占领过的地区，而天地会史上第一场大起义，林爽文起义，就是爆发在台湾。象天地会如此完善的一个秘密组织，除了郑成功或者是郑成功的部将外，很难想象在台湾、闽南这一带还有另一股反清的势力可以建立起这么一个严密的组织。
熟悉会党的陶成章在《教会源流考》中写道：“何谓洪门？因明太祖年号洪武，故取以为名，指天为地，指地为母，故又名天地会。始倡者郑成功，继述而修整之者，则陈近南。”著名史学家连横在《台湾通史》一书中也写道：“天地会者，相传为延平郡王所立，以光复明室者也。”“吾闻延平郡王入台之后，深虑部曲之忘宗国也，自倡天地会而为之首，其义以光复为归。”
但是也有些学者否认天地会与郑成功的关系，主要原因是正史的史料纪录中，找不到有力的证据。这种机械论的史学方法在研究天地会的历史上，暴露出其天然的缺陷，天地会既然为秘密会社，没在正史中有蛛丝马迹可查，本应是如此。
笔者的观点，天地会乃是郑成功所创建。
郑氏集团会创立秘密组织之成功经验。郑成功之父郑芝龙，早年时效法梁山泊英雄结义之举，与颜思齐等人谋图日本；郑成功在组建秘密组织上，亦有惊人的天才，有着非常成功的先例，比如潜伏在清廷控制区的\"山五路”，即金、木、水、火、土五大商行，这五路商行的秘密行动一直未没清政府所发现，直到黄梧叛降后，这些秘密商社才浮出水面。因此郑成功利