收复台湾，乃是郑氏集团事业之新起点，郑成功以他人生最后一年的短暂时间，深刻地影响中国的历史，其所建立勋业之伟大，足以列入中国历史最伟大人物之列。
在赤嵌城投降后，郑成功将赤嵌城改为东都明京，并设一府二县，即承天府、天兴县，万年县，在台湾设立行政机构，在收复热兰遮城后，又改为安平镇，此举拉开郑氏经营台湾之序幕。
郑成功对开拓台湾，奠定抗清基地充满信心，他发布命令道：“东都明京，开国立家，可为万世不拔基业。本藩已手辟草昧，与尔文武各官及各镇大小将领官兵家眷，聿来胥宇，总必创建田宅等项，以遗子孙计。但一劳永逸，当以己力经营，不准混侵土民及百姓现耕物业。”台湾虽然经过颜思齐、郑芝龙以及后来荷兰人的经营，但是所开拓之地仍然非常有限，台湾岛面积广阔，物产繁多，地理条件对农林渔业均十分有利，加之台湾一直作为一个商业贸易重要基地，开拓前景十分乐观。郑成功的原则是不与当地原居民发生纠纷与冲突，所以严禁侵占当地百姓的耕地、财产，在尚未开发之地，文武官员及各级将士，得可以得到一块土地，盖建房屋，开辟田地，并将此土地定为可以传给子孙的永久性用地。
郑成功在开拓台湾的措施上，显示出其卓越的才能，即便以今日之眼光视之，亦不能不让人佩服其远见卓识。譬如在经济开发上，鼓励多种经营，包括渔业、耕作业、林业及商业等，在难以开发利用的汛地，鼓励开发，如果各级将领在汛地中的山林地带开发，还给予奖励。更难能可贵的是，郑成功还具有环保意识与可持续发展的意识，他的发布的命令中，强调开发山林陂池过程中，“须自照管爱惜，不可斧斤不时，竭泽而渔，庶后来永享无疆之利。”
开拓台湾之艰辛，远远超过想象。由于台湾的热带湿热气候，原始丛林密布，愈往岛内，山峦层层叠叠，丛林中遍布湿毒之气，令人恐怖难安。虽然郑成功在政策上采取了种种刺激拓荒的措施，但是很多人仍然无法适应这片仍处原始状态的土地，大量的士兵中屯垦过程中因水土不服而导致疾病，疾病又以很快的速度蔓延开，结果病倒的士兵有十之七八，其中不少人死亡。
在开拓的前期，由于开垦规模尚