荷兰人虽然受到一些损失，但是他们的大炮却丝毫未损，并耐心地等待着反击的时机。当郑军士兵以为这座城堡已经是唾手可得之时，荷兰人的大炮开始发威，威力巨大的炮弹纷纷落在这些暴露在旷地上的士兵身旁，很多人被炸得粉身碎骨，一些大炮也被荷兰人所摧毁。郑军将领、礼武镇的指挥官林福也被荷兰人的来复枪所伤。这次进攻，使郑军士兵见识了红夷大炮的厉害，那崩山裂石的威力，令人吃惊。
第一次进攻热兰遮城以失利而告终。
郑军自从起兵以来，攻城战一直是其最大的弱项，虽然郑军曾经收复许多城池，但绝大多数都是不战而降，真正以攻坚战的方式赢得的城邑并不多。但是并不能说郑军在攻打城堡上一点经验也没有，虽然不能攻坚取胜，但可以采取长期围困的战术，只要时间足够长，城内的守军最终会被困死，除非投降。
郑成功曾经围困漳州城五个月，最后因清军援军赶到而最终失败；后来在南京城外的围困战也以失败告终，现在轮到热兰遮城，这次围困战能否成功呢？热兰遮虽然是一座孤城，然而也是荷兰在远东的一个重要据点，还是可能得到来自荷兰巴达维亚殖民当局的军事援助。郑成功多次写信给台湾总督揆一，劝他投降，但是揆一无一例外地拒绝，与此同时，分布在台湾其他地方的荷兰人纷纷向郑成功投降，人数大约有一百二十多人。郑成功劝揆一认清形势，并且表示即便荷兰坚守十年，郑军仍然会以无比的耐心等待最后的胜利。
对台湾总督揆一而言，另一大麻烦，是他与巴达维亚殖民官员之间存在很深的矛盾。在郑成功发动攻台之役前，荷兰殖民当局错误判断台湾战事不会爆发，因此准备进攻澳门的葡萄牙人，以夺取澳门这个重要贸易港口，但是揆一却认为郑军随时可能发动进攻，荷兰人在台湾的军事力量不够强大，反对在此时贸然出兵进攻澳门。巴达维亚当局对揆一非常不满，决定将他撤职，改派东印度检察长克伦克出任台湾总督。
克伦克率两艘舰船出发后，在大员湾海战中狼狈而逃的马利亚号快艇逃回到巴达维亚，并向巴达维亚殖民当局确认郑成功