清军虽然在进攻厦门一役中伤亡惨重，但是对郑军的威胁仍然非常大，严防清军再度进犯，对郑成功来说，是十分必要的。郑成功仍然以他一惯的强人作风，写了一封信给清军安南将军达素与福建总督李率泰，约他们再打一战，以决胜负，并且还附上巾帼，称如果达素与李率泰不敢再战，则可收下巾帼。达素与李率泰也不与郑成功较真，收下了巾帼，并写了一封回信交给来使。
达率与李率泰都意识到，想要渡海作战，彻底击败郑成功，并非短期内可以奏效。李率泰认为，对郑军必须采取封锁围围的战略，具体的措施，是将与厦门岛临近的同安排头、海澄方田八十八堡及海澄边境等地的居民全部迁移往内地。
李率泰的战略得到了清政府的认同，并将其作为不战而胜的一个基本方针。清军所采取的坚壁清野的战略，给郑成功制造了不少麻烦。为了打破清军的封锁政策，从七月到十二月，郑成功派遣军队，北至兴化、福清，南至潮阳，略地取粮，但是此时全国的局势已经对郑成功十分不利了。
这一年的四月，吴三桂和清廷奏称\"滇土虽收，滇局未结”，请求进兵缅甸，对永历帝、李定国发动最后的攻势。八月，清政府任命爱星阿为定西将军，会同吴三桂进攻李定国。西南局势已经明朗化，永历帝的覆灭只是时间问题，这么一来，清军将有更多的人力、物力投入到东南战局，郑成功面临前所未有的巨大压力。
郑成功凭借海军的强大力量，仍然控制闽粤一些沿海地区与岛屿，但是清军的封锁政策遏制了郑军势力的扩张，而厦门基地虽然有海峡与大陆相隔，却并非无懈可击，狭窄的海峡使厦门一直处于清军水师的攻击范围，而在施郎、黄梧等郑军叛将的训练之下，清军水师的战斗力也不断提升。另一方面，厦门岛面积太小，资源缺乏，难以提供十余万军队的粮食，郑军想要度过难关，必须寻找一个更可靠的基地，一个可以远避清军攻击、提供军队粮食、面积足够大、而且可能保障将士家属安全的新基地。
郑成功在苦思冥想之后，他作出一个伟大的决定：进军台湾。这个决定，不仅是郑氏集团摆脱困