清军士兵有些是郑军叛将黄梧的部下，认得船上的这位将领，就是曾经大败清军水师、令人闻风丧胆的名将陈辉，水师中的满兵焉肯放弃生擒陈辉的机会呢？
两百多名满兵冲向船楼的厅堂，只见里面堆满的火药，忠靖伯陈辉端然坐在椅子上，手持一火把，面对着冲进门来的满清士兵，突然哈哈大笑，这笑声让清军感到不寒而栗，毛骨耸然，在看到堆放着的火药，大家惊呼一声，撒腿便想跑，此时陈辉点燃火药的引信，然后从窗口一跃而出，跳入海中。
只听得一声巨响，整艘船体飞裂，在船上的二百多名清军被炸得粉身碎骨，而陈辉侥幸逃生，被其他郑军船只所搭救。
陈辉等人的英勇表现，却为郑军赢得了时间。
潮水退去，风向也有利于郑军，反攻的时机到了。
郑成功下令所有战船拔碇起航。此时清军战船分为两队，冲锋在前的船只都漆着红色，清一色的满兵，紧随其后的船只漆着乌黑色，系满汉水军，四百艘战船直冲向郑军舰队。
郑军稍稍后撤至圭屿，郑成功亲自驾一艘小船，往来于各船之间，指挥作战。
右武卫将军周全斌的坐船是一艘大炮舰，率先冲入敌军舰队中，巨炮发出轰鸣声，连续击中清军的船只，左冲镇的舰队迎风而进，不多时便夺取一艘敌舰，舰上清军将领哈喇土心等十余人被郑军所俘虏，其余将士均为郑军杀死。
郑军士气大振，连续冲击敌军的舰队编阵中，清军在海战能力上本来就远逊于郑军，况且此时的风向有利于郑军，清军的前锋舰队遭到重创。除了被郑军击沉与焚毁的船只之外，清军被俘获的船只多艘，清军将领呢马勒土心、石山虎等人被郑军生擒，被清军夺去的杨元标的铳船，也为郑军重新夺得。
降清的海军将领黄梧深知郑军在海战上的优势，他不敢率船前进，只是观望。
此时过了正午，海面上刮起强烈的南风，由于郑军的位置偏南，更为有利，郑军的宣毅右镇、左先锋镇、户官水师等从浯屿赶了过来，加入这场大海战，胜负的天平倾向郑军一方。
郑成功冒着敌军炮矢交攻，穿梭于波涛之间，沉着冷静，指挥舰队大破清