这些错误最终使得解放南京成为黄粱一梦。
郑成功一直想争取松江提督马逢知反正归明，如果有马逢知强大的骑兵兵团参加南京之役，那么将如虎添翼。但是关键时刻，马逢知却摇摆不定，他以家眷都在北京为由，没有与郑成功达成协议。这使郑成功有几分失望，他差人再次前往联络马逢知，并告诫他：“若至攻破城都后方会，已为晚也。”
然而令郑成功没有想到的是，南京城内的清军已经作好了反攻的准备。清军反攻的时间选择在七月二十二日，与郑军总攻时间是同一天；这究竟是一种巧合呢，还是清军已经侦知郑军的总攻发起时间呢？这就不得而知了。在清军反扑前一天，也就是七月二十一日，郑成功也接到了一份情报，情报透露：南京城内清军已经集结完毕，准备出城决一死战。这份情报并没有提供清军反攻的具体方向，郑成功判断清军很可能选择凤仪门为突破口，因为郑军驻守于凤仪门外的兵力单薄，主力是余新的前锋镇，还有萧拱宸的中冲镇，郑军每镇的作战人员大约二千人，两个镇的兵力也不过四千人，而清军在突击上则可以投入数万人的兵力，形成局部的优势。郑成功紧急下令左提督翁天祐辖下的官兵向前锋镇的驻地靠近，以便支援前锋镇。
但是这个军队调动太过于仓猝了，还没等到郑军加强这一区域的防备力量，清军的反扑开始了。