对于余新的前锋镇出现士兵到河中捕鱼之事，郑成功很是担忧，便派户都事杨英前去询问事情的经过。余新没有承认自己的过错，反倒称自己是故意露出破绽，引诱敌人上钩，并说：“军机变通，总在将妙其用。”听了杨英的回报后，郑成功不无忧虑地说：“捕鱼者若是伙兵则可，若是战兵，则大事去矣。”
由于清军的出击被前锋镇杀败，郑成功没有追究余新的责任。不过郑成功认为有必要警告余新，他传来五军戎政张英，对张英说：“余新言过其实，吾每虑其偾事，今如此欺敌，尔须密戒之，勿画虎不成反类犬。须时身家攸关，军法无赦。”
由于凤仪门是清军最重要的突击方向，而这里的驻军只有余新的前锋镇以及萧拱宸的中冲镇，兵力相对单薄，郑成功准备派左提督翁天祐率军加强防守。可是余新担心自己的功劳被翁天祐抢走了，便赶紧立下军令状，声称自己的营地\"严密如铁桶，虽飞鸟难过，狡虏何能，敢来冲犯。况前日已被杀败，略知手段，必不敢再来，故示弱以诱之。兹若敢犯，新与中冲镇愿当其阵，不用拨兵帮守。如有疏虞，愿依军令！”
余新的这番慷慨陈词，使郑成功犯下一个不可挽回的错误决定，他轻信余新夸下的海口，将翁天祐的兵团又调回原处，致使凤仪门一带的防守力量严重不足，为后来的南京战役的惨败埋下祸根。
此时张煌言在南京上游地区攻城略地，同时南京附近的一批清军控制的城市也爆发反清起义，此时的形势可以说对郑成功是十分有利的。
在清军一方，对郑成功大军包围南京城，恐惧与不安的气氛不断地蔓延，从郑军所截获的清军公文中，有这样的报道：“燕都不通文报近一月矣，南都未知明清。”一些清政府官员，已经做好向郑军投降的准备了，在一位官员的家书中这样写道：“南都音信久绝，传闻铁兵难敌，有迁都远避之议，大事可知。可令子与弟先投国姓，以为我后来进见地。”
同时，郑军的大火炮也从舰船只卸下来运抵南京城下。七月十九日，威力最大的万斤重的火炮被抬