刘进忠是搭了一艘船前往海门所，向清军投降的。
郑成功调集军队，对海门所发动进攻。十月二日，在郑军的猛攻之下，守城的清军吃不消了，弃城而逃，刘进忠也逃之夭夭，来不及逃跑的一百多名清军被俘虏。郑成功在攻克海门所之后，又先后进攻台州城与黄岩，在台州辖区内四处征粮，以补充军用。之后，郑军又攻克了另一处清军据点：海门卫。
此时已经是冬季，一来郑军在羊山之难中损失不少，二来季风的风向是偏北风，不利于舟师挺进到北方，所以郑成功让各级将官轮番休息，回厦门岛探亲，准备在来年春天来继续北上。
不过郑成功自己并没有返回厦门岛，他仍然驻扎在舟山岛，并不时攻掠浙东的清军控制的城邑。在浙东沿海，有一城称为磐石卫，在乐清县南五十里，距海一里处，郑成功亲率舟师登陆后，直逼磐石卫城下。并派人招降守城的清军官兵，但是清军守将拒绝投降。十一月五日，郑军开始攻城，拥有巨型的红夷大炮之后，使郑军的攻城能力大大增强了，磐石卫的城墙无法抵御郑军大炮的轰击，两天后，磐石卫城被郑军攻破，全歼守城的清军。对所俘虏的清军，如果是逃跑或放下武器投降者，一概释放，但对于负隅顽抗者，俘虏之后，斩断其左手，然后也释放。
在攻破磐卫城后，发生了掳掠妇女的情况。郑成功下令释放全部被掳掠的妇女，但是后提督万礼的帐下有一名伙兵私自藏匿了一名掳掠来的女人，被查出来后，这名伙兵被斩首示众。而伙兵的上司副将胡雄与正将何佑也因为治军不严，受到牵连，被郑成功判处死刑。副将胡雄惊恐之下，自杀身亡，而何佑是个作战勇猛之人，诸镇将领纷纷求情道：“此猛员难得，处处有勋，杀之可惜。”最后郑成功赦免其死罪，降级为普通一兵，并捆绑棍责。郑军军纪之严厉，由是可以一斑。
在夺取磐卫城之后，郑成功率军北上，围攻乐清县城。乐清城内的清军一听到郑军大举出动，吓得弃城而逃，郑军兵不血刃，一举夺取城池。
郑军从福建北进浙江，这不由得引起清廷的恐慌，原本清政府在福建、浙江设一闽浙总督，这一年，由于战局吃紧，清廷便把闽浙战区一分为二，分置福建总督与浙江总督，由李率泰担任福建总督，赵国