经国际足联研究决定，预选赛参赛名额分配情况为:欧洲8席、南美洲3席（不包括东道主智利和卫冕冠军巴西）、非洲05席、亚洲05席、北美洲05席、中美及加勒比地区05席。
而预选赛最后阶段的附加赛对阵方案，即：非洲、亚洲、北美、中美及加勒比地区的球队争夺三个附加赛名额，而这三支获胜球队将分别对阵两支欧洲球队其中的一支或一支南美球队，获胜者晋级智利世界杯决赛圈。
最终非洲、亚洲、北美球队未能杀出重围，截止1961年12月16日，16支参赛球队全部确定。
除了东道主智利队和卫冕冠军巴西队外，欧洲共有10支球队出现:联邦德国、匈牙利、英格兰、意大利、瑞士、苏联、西班牙、南斯拉夫、捷克斯洛伐克、保加利亚。
南美洲共有:阿根廷、哥伦比亚、乌拉圭三支球队出现。
中美及加勒比地区有墨西哥一支球队出现。
其中，保加利亚队、哥伦比亚队为队史上首次晋级世界杯决赛圈。
本届赛事决赛阶段16强被分为4个小组。所有球队被分为四档，其中东道主智利作为一档种子队自动落入b1的位置，其他球队按照国家队实力依次进入一档（种子队）、二档、三档和四档。
其中一档种子队分别为:乌拉圭、智利、巴西、阿根廷
分档原则依照国家队实力进行划分。每档次划分4支球队，各档次内任意抽取一支球队进行分组，分为1-4组。
分组遵循除欧洲区外同大洲球队回避等原则，属于同一足联旗下的球队不会分在同一组。
同时由于欧足联参赛球队较多，同一小组最多只能有2支欧洲球队。
分组结果如下:
第一组：乌拉圭、哥伦比亚、苏联、南斯拉夫
第二组：智利、瑞士、德国、意大利
第三组：巴西、墨西哥、捷克斯洛伐克、西班牙
第四组：阿根廷、保加利亚、匈牙利、英格兰
四个小组的比赛分别在阿里卡、圣地亚哥、比尼亚德尔马、兰卡瓜四个城市进行。
其中阿里卡的卡洛斯·迪特伯恩体育场是为