但是，国不可一日无君，葡萄牙的王位必须有人来坐。此时，佩里斯公爵和雨青云联名奏请朱由检纳索菲亚为妃，仍然以索菲亚为葡萄牙国王。他们向朱由检分析道：“这样一来，可以降低欧洲各国对大明王朝的敌意。毕竟这遥远的大明王朝突然征服伊比利亚半岛，控制西班牙、葡萄牙两国，这会让很多国家感到恐惧。如果以索菲亚为国王，表面上仍然是葡萄牙的内部事务，我们在背后掌控，便能减少各国的猜忌和反对。”
经过深思熟虑，结合种种因素的考量，朱由检最终决定纳索菲亚为西宫皇后，从此这一朝开始实行两宫皇后制。雨蒙蒙为东宫皇后，索菲亚为西宫皇后，两宫并列，以东宫为尊。
在伊比利亚半岛，虽然索菲亚明面上是国王，但实际上所有的政令法条、军队调动、税收财政等大权都掌握在朱由检手中。他在幕后精心布局，通过一系列手段，将葡萄牙逐渐纳入大明王朝的统治体系，实际上葡萄牙已经成为了大明王朝的国土。
另一方面，朱由检并没有放松对西班牙的控制。他派遣大量的官员和军队进驻西班牙，对西班牙的政治、经济、军事等各个方面进行全面的渗透。
大明王朝开始向西班牙移民，并推行大明王朝的文化和制度，试图将西班牙彻底同化，慢慢的将西班牙纳入大明王朝的绝对掌控之中。
然而，朱由检所做的一切，还是引起了大英帝国的不满。大英帝国的腓特烈大帝一直奉行大陆平衡政策，如今欧亚板块的大明王朝突然来到伊比利亚半岛，控制了葡萄牙，进而染指整个伊比利亚半岛，这让他感受到了前所未有的危机感。他召集大臣们商议对策，准备对大明王朝采取行动，一场新的风暴正在悄然酝酿。