汉王在彭城战败后，樊哙驻守在荧阳的广武，为刘邦的喘息赢得了宝贵的时间。
一年后，他跟随高祖追击项羽，俘获了楚兵四千余人，并把项王围在陈地。他跟随韩信连下三齐，占领了整个齐国所有的地方。又随后为先锋南下攻楚，直抵郢都。
经过长达四年的楚汉战争，最后以项羽在乌江战败自刎落下帷幕，刘邦也成功开创了大汉基业，称汉高祖皇帝，樊哙也封授候爵，赐地千顷，食邑三千户。
汉朝初年，由于高祖的猜忌心过重，吓得新附的诸侯王心惊胆战，坐卧不安，许多诸侯王甚至兵行险招，举兵反叛。樊哙于是成了剿乱的主将，他先打反叛减荼，平定了燕地；跟刘邦平定了韩王信。又与周勃等平定了代地，并击退陈郗、曼丘臣等部，大战襄国，收取代地清河郡，高密郡县城近三十座。
接着又打败了陈郗的胡人骑兵，斩杀代将赵既，胡深，丘引等人，又与诸将进兵收复县邑七十三座，并以功升左丞相，正式受封舞阳侯。高祖还把妻妹吕媭指婚于他，二人成了连襟。
高祖十二年，樊哙以相国身份带兵平定燕王卢倌的叛乱，安定了燕地，总计樊哙一生刀下斩首了三千多级，带兵俘获敌人二万余，并收降了不少的将领，兵丁约十万人。即使单独领兵作战，也先后打败了七支军队，俘获敌相国一名，宰相一名，将军二十余名，收复郡所五个，县邑七十余处。立下大功数十，食邑增加到五千户。
樊哙与高祖结成了连襟后，自然成了皇亲国戚，与吕后的关系更为莫逆，这就引起了许多朝臣的猜忌，时高祖冷落吕后，宠幸戚夫人，生下了刘如意，还加封他为赵王，并许他日后为君，吕后宣召留侯张良，让他想办保住太子刘盈的地位，张良提岀让吕后请岀了当时天下闻名、而且受到高祖倍加敬重的商山四皓岀面，才保住刘盈的太子之位。朝野分成了帝党和后党。樊哙自然被牵扯到其中。
刘邦晚年多病，猜忌心更加严重，对樊哙也有猜疑之心。时有人乘机