有了遗迹中的新技术，星际联盟各星球发展迅猛，新能源让飞船速度提升数倍，净化设备让荒芜星球展露生机。林羽本以为能稍作喘息，可平静之下，新危机悄然滋生。
一批来历不明的机械生物在星系边缘现身，它们形似巨型昆虫，外壳坚不可摧，装配的能量武器能瞬间洞穿战舰。这些机械生物毫无沟通余地，所到之处大肆破坏，吞噬星球资源用以自我复制，转眼便聚集成庞大军团，朝着联盟核心区域杀来。
林羽紧急召集联盟精英，登上修复升级后的传奇飞船出征迎敌。双方相遇，炮火交织，光芒炸裂。机械生物攻势凌厉，联盟舰队初时陷入苦战，防线频频告急。林羽紧盯战局，发现其行动规律，冒险驾驶飞船冲进敌阵，引诱大批机械生物追逐。
待将它们引至一处引力漩涡附近，林羽瞅准时机，启动飞船的超载能量炮，借漩涡撕扯之力，成功把机械生物大军卷入，消灭大半。残余势力慌乱逃窜，联盟舰队乘胜追击。
经此一役，林羽意识到宇宙暗处藏着太多未知威胁。他着手成立星际探索防御研究院，广纳各星球人才，一边钻研机械生物起源防范再袭，一边探索未知星域，未雨绸缪。往后日子，研究院成果不断，宇宙间虽时有风波，可因林羽等人守护，和平曙光始终在星河间闪耀，星际联盟也朝着繁荣与安稳，步步迈进。
在研究院的努力下，星际局势安稳了数年。可这份平静，被一封神秘外星求救信号打破。信号源十分遥远，破译后，那是一段绝望的哀求，声称家乡遭受“幽影”侵袭，星球生灵涂炭，即将覆灭。
林羽当机立断，率舰队循着微弱信号奔赴。抵达后，只见浓稠黑雾笼罩星球，内里诡异暗影穿梭，扭曲现实。原来“幽影”是种高维异次元生物，能操控暗物质，入侵生物思维，让其自相残杀。
刚入场，舰队便陷入苦战。士兵们眼前出现可怖幻觉，行动受阻。林羽强撑意志，根据古盒隐晦指引，下令释放特殊能量波扰乱“幽影”频率。趁黑雾松动，舰队火力全开，特制净化导弹齐射，光芒刺破黑暗。