朱熹以为唐仲友风流倜傥，与严蕊必定有染。严蕊身单柔脆，一拷问即会招认与太守通奸实情，则可参奏唐仲友罪名了。谁知严蕊的苗条身躯犹如筋钢铁骨，系狱月余，任凭杖笞鞭打，遍体鳞伤，严蕊始终一语不及太守，只道：“弹唱吟诗侑酒有之，别无他事。”朱熹无奈，只好将她痛杖一顿，一边发严蕊去绍兴府审问，一边写本参奏皇上。
严蕊在监狱吃尽苦头，押至绍兴。绍兴太守也属程朱学派，一见严蕊姿色，便道“有色必无德”，进行严刑拷打，她遭手足夹棍，几番昏死。任凭被打得遍体鳞伤，体无完肤，严蕊还是咬紧牙关不愿屈服。朱熹便通过狱吏劝诱她：“你何不早招供，招认了犯淫，最重也就是杖罪，况且你已经断过杖，罪不重科，何为受此严刑呢？”严蕊道：“我自己只是一个低贱的歌妓，纵使真的与太守有越轨的行为，判刑也不至于死罪。然事情有则有、无则无，岂为保身躯，信口诬陷士大夫？我宁可死，要诬害人，断然不可！”狱吏肃然起敬，把话告之太守。太守是奉朱熹之意，只好吩咐再痛杖，押回监狱。
时淳熙九年七月，此事朝野议论，震动宋孝宗，孝宗认为唐仲友和朱熹是“秀才争闲气”，让二人平调。也幸亏王淮从中帮助，唐仲友避免了一场大风波。朱熹免去了浙东提举，严蕊无端地坐了两个多月的牢，方释放回台州。知情者无不为严蕊抱不平，连学术上支持朱熹的谢深甫探亲回临海谢里王时，直言道“朱子冤了严蕊也”。严蕊的冤案