那场肆虐的大火，其影响也如同它来时一般迅猛，随着火势的逐渐减弱而慢慢平息。
柯南以工藤新一的身份将保险箱钥匙交给了目暮警官，使得四菱银行抢劫案随着在大火中发现的唯一一具女尸而宣告结束。
这场火灾仿佛是一个句号，将一切纷扰画上了终止符。
东京在这之后似乎重归宁静，人们的生活也渐渐回到了正常的轨道。
然而，大火虽看似将所有事物都化为灰烬，却也在不经意间点燃了某个人的内心世界。
这三天的时间，说长不长，说短不短，足够让一些事情悄然发酵，让一些聪明人悟透其中的玄机。
我们的小侦探----爱剁娃娃的柯南君，在经历了大晚上不回家吃饭，最后被目暮警官用警车送回家的情况下，被毛利小五郎打击报复和小兰事后的说教。
好不容易躺在地铺上的柯南，终于有时间开始在脑海中回忆起这两天他所经历的一切。
这两天发生的事情，实在是太过紧促，完全是一件事情踏着一件事情发生，之前他在其中就像是一枚棋子被幕后之人随意玩弄。
可现在冷静下来了，柯南越想越觉得有些不对劲，越想越觉得似乎有一张无形的巨网在背后操控着所有的事态发展。
那些错综复杂的线索，那些看似巧合的事件，不断在他脑海中闪现，他努力想要找出其中的关键所在，但疲惫感逐渐袭来……想着想着，他就睡着了。
马蒂，在外面跑了一整天，最后又经历了广田雅美的死亡，还有燃烧码头的大火之后，他的身体和精神早就是双重疲惫了。
这都躺在床上了，哪还有那么多时间给他思考啊！！
第二天一大早，原本还在熟睡的柯南，猛地掀开被子坐了起来，一脸惊骇的转头看向还在打呼的毛利小五郎，心中忍不住想到：在这件事情中，叔叔他到底是个什么角色啊！！！
难道他真的只是被卷入其中的无辜者，还是背后隐藏着什么不为人知的秘密？
柯南回想起毛利小五郎在案件中的种种表现，总觉得有些地方说不通。
他决定要好好观察叔叔的一举一动，或许能从他的行为中找到破解这起案件