三阿哥入朝后，积极结交大臣，巩固自己皇长子的地位，同时还给对自己威胁最大的弘历使绊子，试图挑拨他跟曹琴默的关系，弘历自然不让，反过来挑拨三阿哥和皇后本就岌岌可危的同盟关系。
在三阿哥与皇后关系紧张之时，甄嬛也通过一些蛛丝马迹，探查到皇后的秘密，尤其是在听崔槿汐说，纯元皇后怀孕时请走了大夫，导致大阿哥缺少救治身亡时，她就意识到，纯元皇后死因恐怕不会清白。
因着端妃照顾九格格的缘故，两人关系日渐密切，甄嬛也从端妃那里旁推侧击到纯元皇后的一些事，听说二阿哥去世时身上带着青斑，便召来卫临询问此事，得知只有中毒才会如此。
想到当时纯元皇后怀孕时是皇后一手照料，甄嬛不难猜出皇后在其中的手笔。
又想到皇后任福晋时，唯三的阿哥，除了三阿哥，另外二人都是在外面才活下来的，明明皇上身体能使人受孕，然而近二十年却少有人在府中顺利生下孩子。
为了扳倒皇后，甄嬛从侧面告知皇上，使皇上开始疑心皇后，下令让夏刈去查皇后。
皇后虽在宫中势力庞大，可到底不是皇上，加上夏刈不是苏培盛，能查出许多埋藏起来的东西。
用了半个月的时间，夏刈不但查到了纯元皇后的死因，还查出潜邸和入宫后，妃嫔流产又多数是曾经为继福晋的皇后出手。
不但如此，连纯元皇后和二阿哥也是被皇后害死的。
皇上龙颜骤变，怒不可遏，心生废黜皇后之念。然而却被张延玉阻止，以不可轻易废后，动摇国本，劝阻了皇上。
皇上虽未废后，却将让皇后交出凤印，欲要交给曹琴默。
可曹琴默岂会出这个风头，不仅会招来皇后的记恨，还有甄嬛的。
她推辞皇上给的凤印，却接下了一部分宫权，与甄嬛共同执掌后宫，而凤印也被曹琴默推给了给了甄嬛。
皇后得知甄嬛既得了凤印还得了宫权，想到了曾经的姐姐，对甄嬛的恨意达到了顶点，恨不得下一刻就毒杀甄嬛。
可甄嬛到底有女主光环，皇后使尽手段不得用，却探