2江防与水师
长江江防很重要。沿江设有新江口水师营，负责巡逻与阻击海盗。那里大炮很笨粗！一炮就能轰碎王九的楼船。
重要江岸据点如燕子矶、狮子山、幕府山均设炮台，配备火铳、佛郎机炮等武器，能封锁长江。
3军事后勤。
军器局：城内，负责维修火器、冷兵器，尤以火铳和火炮着称。
火药局：储存火药，不限量供应城防及水师所需。
二、驻军体系
1南京京营。
神机营：专司火器，配备火铳、火箭、火炮。
五军营：由各卫所精锐组成，负责野战与机动防御。
三千营（后称“神枢营”）：原为骑兵，中后期逐渐衰落。
京营在明初约12万，至万历年间因卫所制崩坏，实际兵力大幅缩减，仅存数万。
2卫所驻军。
南京周边设有48卫，直属五军都督府，如孝陵卫（守卫孝陵，属皇帝亲军）、羽林卫等。
卫所军有些崩坏。
3水师江防部队
新江口水师营：驻军约万人，战船数百艘，承担长江下游防务，嘉靖年间曾参与抗倭。
龙江船厂：建造战船，保障水师装备更新。
4守备与指挥
军事指挥由三人共掌：守备太监（代表皇帝）。南京兵部尚书（管行政后勤）。守备（魏国公统领京营）。
流水的太监文官，世袭魏国公……
三、弱点与补强
1弱在卫所衰落
土地侵占致卫所兵大量逃亡，京营兵额虚耗严重。实际兵力不到额定三成，多由老弱充数。
2募兵补充
募“义勇”。如嘉靖倭寇逼近南京，急征民壮协防。此次，三个月前已募兵数万。
3火器化升级
已加强火器，装大量佛郎机炮、改进火铳射程，城墙大增炮位。王九经常见到炮手看着他擦炮……
南京军事体系完备，依赖坚城与火器，且早已补充募