进化论自问世以来一直备受争议，如果达尔文那个年代的进化论，因为冲击了宗教思想而遭到反对，那么科学发展到今天，生命科学达到登峰造极的年代，科学领域对进化论的质疑，则来源于古生物学领域在“化石证据”和“基因测序”的这两个方面，揭示了其的不合理性。
从生物学的角度来看，进化论主要分为两个层面：一个是微观进化，另一个则是宏观进化。
微观进化，也称为种内进化，是指生物随自然环境发生的细微变化。
这种变化是物种内部发生的，本质上仍然是同一物种。
例如：“从鲫鱼到金鱼的培育过程，虽然外观发生了显着的变化，但它们仍然属于同一物种”。目前已被科学所证实。
而宏观进化则涉及到从一个物种完全进化到另一个物种的过程。这种进化需要稳定的种群数量，并且新物种要与原物种之间应形成生殖隔离。
织田父亲的《自然选择》和晨雄的《共进化》这两本生物学着作，就完美的诠释了这一方面的相关知识，并通过丰富的案例和深入的研究，对此进行了详细剖析，并指出达尔文《物种起源》在宏观进化方面的缺陷。同时，也强调了从微观进化中得到结论而推断出宏观进化是事实的不合理性。
以狼的驯化为例：人类虽然成功地将狼驯化成了狗。然而，狗并不是一个新的物种，因为狼和狗之间并没有生殖隔离。
其次就是古生物化石。化石记录虽然被认为是证明进化论的重要证据之一，但化石记录的完整性和可靠性一直饱受争议。
一方面，是化石记录的不完整性，许多物种在化石记录中的存在时间非常短，使得科学家难以溯源它们的进化历程，从而证明物种之间的演化关系。
另一方面，化石记录中的一些证据表明，物种在进化过程中存在着“突然出现”和“没有过渡形式”的现象。
这与进化论所推断的“生命是由单细胞生命逐渐演化成为多细胞生命，再由水生生物逐渐代代渐进演化成为陆生生物的线性历程”并不一致。
因为如果根据达尔文《物种起源》的观点，物种的演化是循序渐进，按照物竞天择、适者生存的原理，通过长时间的自然选择