刘据最后只能把长安城的百姓组织起来，与那些囚徒组成一支数万人的军队，与丞相刘屈氂的军队战斗了五日之久。死亡人数不计其数，但刘据的队伍还是无法抵抗不断增援的正规军。
最后，刘据只能带着两个儿子逃出长安城，他的门客也被一律处死，凡是参与谋反者全被灭族。皇后卫子夫也在宫中自杀，卫家的外戚势力就此遭受了严重打击。
就在汉武帝派人到处追捕刘据的时候，有人冒死为太子辩护，认为刘据是被奸臣江充陷害，他组织军队抵抗完全是出于自保，别无他心。
同时斥责汉武帝对所谓的谋反不加以调查就雷霆大怒。汉武帝于是稍微平息怒火，回顾了整个事件，这才发现太子谋反确实有很多蹊跷之处。然而，他并未及时颁布赦免令。
刘据此时的处境依然危险，他只能隐藏在一户普通百姓的家中。为了生活，他打算联络一位曾经认识的夫人，希望能够得到一些经济支持。
然而，此事又被泄露，遭遇了地方官兵的包围。刘据最终紧闭房门自缢而死，两个儿子也一同遇害。
公元前 90年，汉武帝根据调查发现，因巫蛊之罪而诬告太子的人所言均不属实，太子刘据确实被江充陷害。
于是，他下令诛杀江充全族，凡与太子刀兵相见者皆被满门抄斩。丞相刘屈氂等相关人物也被以各种理由杀死。这便是轰动一时的巫蛊之祸。
据记载，巫蛊之祸前后牵连近 40万人。事件结束后，汉武帝写下罪己诏，反思自己的错误，并修建了一座思子宫和归来望思台以怀念太子。
然而，导火索朱安世为何能够得知公孙贺会大祸临头？他为何能够在狱中向汉武帝上书？史书中并未给出明确答案。
但巫蛊之祸仿佛是一场有预谋的政治斗争。对于汉武帝而言，外戚之中，只有公孙贺的权力最大。
很有可能是汉武帝为了制衡外戚势力，创造了朱安世这个角色，继而以巫蛊之术为由削减卫家的外戚势力。
而江充的主动请命也许只是汉武帝的顺水推舟，