于是秦琼随张须陀征讨瓦岗军，谁成想却被李密击败，张须陀兵败身亡。秦琼随后跟着义父裴仁基去守虎牢关，可裴仁基也没撑多久就投降了李密。这下秦琼算是正式加入瓦岗寨，成了李密的人。
《旧唐书·秦琼传》中说，李密得到秦琼后，非常高兴，封官赏赐给足了秦琼面子。那时候他手底下有四个骠骑将军，秦琼就是其中一个。
李密还从军中选了8000精锐分给这四个骠骑，号称“内军”。他常说这8000人可阻挡百万大军。
对于秦琼这种武将来说，心思很简单：你对我好，我就对你好。李密对他好，他就一门心思报答李密。
那时候李密通过与张须陀一战，算是把自己的地位坐稳了。在翟让退位后，李密成为了瓦岗寨的新任老大，号称魏公。
然而随着瓦岗寨新旧势力的矛盾加深，李密在一次宴会上把翟让咔嚓了，独揽了瓦岗军的大权。当时李密可谓春风得意，然而好运不长，他很快就撞上了一块硬骨头——东都洛阳的杨侗。
杨侗是隋炀帝的孙子，隋炀帝一蹬腿儿，他就被人推上了龙椅。咱们姑且叫他“皇太小子”吧。这“皇太小子”跟他的智囊团一合计，想借瓦岗军的手除掉宇文化及。
宇文化及是谁呢？他是隋炀帝的贴身保镖头头，10万骁果军的统帅。当时隋炀帝就是在江都被他所杀，此时宇文化及正带着这10万精兵往中原进发。
面对“皇太小子”的示好，李密心里也有自己的小算盘，想着趁机混进洛阳城，以此号令天下。于是李密和“皇太小子”一拍即合，决定联手对付宇文化及。
然而这一仗打得简直是惨不忍睹。宇文化及的10万精兵作为隋朝的精锐部队，战斗力自然不容小觑。
战场上刀光剑影，瓦岗军一度被压得喘不过气，甚至李密都差点成了刀下鬼。《唐书》记载，李密在乱军之中被一箭射中，从马上栽了下来。
身边的亲兵一看老大倒了，撒丫子就跑。就在这千钧一发之际，秦琼闪亮登场，愣是把李密从死神手里抢了回来。
救完老大后，秦琼还不忘整顿军马，带着剩下的兄弟跟宇文化及又干了一仗，最终把敌人给打跑了。瓦岗军虽然最后赢了，但也是杀