随着明军和南朝军队组成的联军的大举入城，杀戮开始了。
顽强抵抗的幕府军队所聚集的营垒、在京都根深蒂固的北朝贵族和幕府高层的宅邸、土仓大商人的仓库
南朝军队有怨报怨，有仇报仇，明军则是按照这些年锦衣卫通过详细侦测绘制的京都地图，开始抢占各战略要点和重要仓库。
日本北朝后小松国王的京都御所，以及室町幕府幕府将军的花之御所，也都是需要重点包围的对象。
明军的士兵们，按照事先部署，分成按照“什”来编组的小队，迅速而有序地穿梭在京都的大街小巷中，火光和月光成为了他们的指引。
对于这些蛮夷，明军相当冷酷，对任何抵抗者都毫不留情，火铳的轰鸣与冷兵器的交锋声此起彼伏，空气中弥漫着浓重的血腥味，与烧焦的木屑和尘土混合在一起，形成了一种难以名状的压抑氛围。
一些幕府残余势力仍在负隅顽抗，但他们的抵抗在明军的强大火力和极具针对性的阵型面前显得如此渺小。
考虑到有可能进行治安战，所以一部分征日的明军是经过长时间的鸳鸯阵训练的，这时候进城的明军，就是十余万明军里面最擅长巷战并且不是夜盲症是有着夜战能力的，他们组成鸳鸯阵，冷热兵器搭配，以“什”为小队，进行搜索前进。
平原野战和巷战毕竟不同，巷战需要考虑的东西更多。
而如此一来，就能够确保日本人的弓弩无法轻易杀伤他们，同时隐蔽在角落里的武士，也很难用太刀近身。
面对不知所谓，敢正面在街道上举着刀冲过来的日本武士，火铳手一轮轮齐射，将敌人成片放倒，随后鸳鸯阵里的刀盾手便顶着盾冲上去，用长刀结束那些尚未断气的敌人的生命。
街道上，尸体横陈，鲜血染红了石板路，仿佛一条条蜿蜒的红色河流。
而明军汇聚了庞大数量的小队们的目标就是后小松的京都御所与室町幕府的心脏——花之御所。
随着明军逐渐逼近京都御所，守卫的武士们虽然拼死抵抗，但在明军精良的装备与严密的战术面前，他们的努力显得十分微不足道。
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