王凌听言急忙抱拳道：“丞相，我太原王氏对我大魏绝无二心啊，还请丞相明鉴，不要误信了那些小人的谗言啊！”
后来，李傕、郭汜追击车驾，大破汉军于弘农曹阳。
当时护驾的李乐恐慌，想让献帝乘船直接前往孟津。
献帝说道：“千金之子，坐不垂堂。孔子尚且忧虑暴虎冯河之事，这样做岂是安居之道呢？”
杨彪说：“臣是弘农本地人，从此地向东有三十六个险滩，不能让陛下乘船冒险。”
刘艾附议：“太尉所虑极是，臣以前担任过陕县令，也知道险滩的危险。以前这里有船夫，乘船仍有危险，何况现在我们连船夫都没有。”
董承等人赞同，于是决定渡过黄河向北到河东郡，并令李乐准备船只。
船只准备完毕后，杨彪跟随献帝等数十人一同渡河，成功抵达河东安邑。献帝回到雒阳后，以杨彪代理尚书令。
建安元年（196年）八月，杨彪随献帝定都许县。
当时百官举行大宴，兖州牧曹操见杨彪神情不悦，惧怕之下离开宴会。九月，杨彪与司空张喜一同被罢免。
当时袁术在淮南僭号，曹操因此诬陷杨彪与袁术是亲戚，想要勾结袁术废献帝，将其下狱。
将作大匠孔融听说后连朝服都来不及穿就匆匆面见曹操，为杨彪辩解，曹操仍然强辩道：“这是陛下的意思。”
孔融则回答：“如果让成王杀邵公，周公可以说自己不知道吗？如今天下士人之所以仰慕明公您，是因为您聪明仁智，辅弼汉朝，举荐正直之士，斥退邪妄之人，致使四方和乐。如今却要杀害无辜之人，那么海内旁观侧听之人，谁也不会再肃敬待您了！我孔融还是鲁国一男子，明天便拂袖而去，不再来朝。”
而负责拷问的许县令满宠也对曹操说道：“拷问杨彪没有找到罪证。如果要处决他，要找到证据才能执行。此人有名于海内，若找不到证据