本以为危机解除，可平静的日子仅仅维持了几日。一天夜里，学校的钟楼突然发出诡异的钟声，那声音仿佛能穿透灵魂。哈利、赫敏和罗恩立刻赶到钟楼，却发现钟楼上出现了一个巨大的时空漩涡，从中涌出了一群奇形怪状的生物。这些生物身上散发着不属于这个时空的邪恶气息，它们所到之处，魔法能量紊乱。原来，之前击败邪恶家族的幻影时，意外打开了时空裂缝。邓布利多校长告诉他们，必须在时空裂缝完全打开前关闭它，否则更多邪恶生物会涌入。哈利三人组和老师们一起，施展出强大的魔法试图对抗生物并关闭裂缝。但这些生物十分难缠，它们不断破坏魔法攻击。关键时刻，哈利从之前的经历中获得灵感，他结合多种魔法，创造出一种全新的融合魔法，终于击退生物并关闭了裂缝。霍格沃茨再次度过危机，而哈利他们明白，魔法世界的未知危险还有很多，守护之路永无止境。
就在众人以为学校能迎来长久的安宁时，学校的魔法花园里突然长出了一种奇异的黑色藤蔓。藤蔓生长速度极快，迅速蔓延，所过之处花草枯萎，还释放出令人窒息的黑暗气息。哈利、赫敏和罗恩再次行动起来，他们在研究中发现，这黑色藤蔓竟是来自另一个神秘维度的邪恶植物，它与之前打开的时空裂缝或许有着某种联系。当他们试图用魔法清除藤蔓时，却发现普通魔法对其无效，藤蔓反而发起反击，将他们困住。在这危急时刻，哈利想起了之前创造融合魔法的经验，他与赫敏、罗恩紧密配合，再次施展融合魔法。强大的魔法光芒笼罩住藤蔓，藤蔓剧烈扭动，最终被消灭。处理完黑色藤蔓后，学校里开始流传一种神秘的耳语，只有在夜深人静时才能听见。哈利、赫敏和罗恩决定在夜里一探究竟。他们悄悄来到耳语声最清晰的图书馆，发现书架上一本古老的魔法书自行打开，书页疯狂翻动。突然，从书中涌出一股黑色雾气，凝结成一个半透明的幽灵。幽灵阴森地说：“你们以为能阻止所有邪恶？接下来的灾难将让