背景剧情
几十亿年前，希丝娜、莫尔斯夫妇与诸多科学家走遍各个星球，最后在地球找到了能让夸克族恢复自愈能力的最后一样材料。众人经过漫长的研究创造出了磐古，磐古的强大力量也使地球充满了生机。莫尔斯执意要拿走磐古，希丝娜不愿看到地球众生毁灭，与其经历多次大战，最终希丝娜贡献全部魔法力量击败莫尔斯。失去形体的希丝娜将由雷、风、土、火、水五元素创造的骑士之石交由精灵族保管，又将自己与磐古锁在自己创造的“萌学园”的地心实验室的生命之树中。莫尔斯等人则在大战后失去了踪迹。十七世纪，一颗神奇的黑磁石降落夸克星球，使得爱好和平的夸克族分裂为夸克、闇黑两族，奈亚公主也因闇黑族的出现而诞生。信念不同的两族为了争夺这颗黑磁石陷入了长久的战争，最终闇黑族获胜，夸克星球陷入了长久的黑暗。夸克族带着黑磁石来到地球，并驻扎在祖先希丝娜女神留下的位于地球附近平行空间的萌学园，守护着这颗星球。一百多年后，夸克族与闇黑族展开了浩大的黑夸大战，这场战役中，闇黑族惨败，多数分支被封印，仅存的闇黑大帝及其残余势力被逼至地下水道。闇黑大帝寻遍各处得来的作为自己能量来源的海地司、轮回血石、冥月顽石在战役中散落各地，黑磁石重回夸克族手中，仅有塔塔鲁石留在闇黑大帝体内维持其能量稳定。又过了两百多年，时间来到二十一世纪。久居人类世界的烈焱坚尼、蓝宝被萌学园怀疑为未来的萌骑士成员，因而收到萌学园的入学通知单，进入萌学园的世界，遇到了时任幻之星兼骑士队长艾瑞克、智之星谜亚星、假奈亚公主乌克娜娜。与此同时，沉寂许久的闇黑势力也蠢蠢欲动
《萌学园》系列的故事就此展开。奈亚公主是命定之人，所以天生具有奈亚图腾。一般情况下，奈亚公主都会来到萌学园就读。她的信仰便是无惧。而当五星聚集、闇黑大帝率领闇黑军团大