公孙轩辕对蚩尤所表现的仁爱之心，蚩尤并不领情，反倒觉得公孙轩辕软弱可欺。蚩尤对他的部下说：都说公孙轩辕本事大，很厉害，依我看他就是个窝囊废。要是有人侵犯了我的部落，我早把他们灭了。我打了他们那么多部落，抢了他们那么多财物，他就派个大监来说几句话，就算完事了，你们说可乐不可乐。
蚩尤并没有收手，而是纵容部下，变本加厉的抢夺部落财物。激起了部落诸侯的愤怒，一致要求公孙轩辕讨伐蚩尤。公孙轩辕忍无可忍，不能再叫部落人民受恶魔蚩尤的残害了。急忙组织武装力量，调动诸侯兵力，准备征讨蚩尤。双方列阵涿鹿郊外。公孙轩辕历数蚩尤罪状：声讨蚩尤部落私自毁盟约，多次入侵抢夺其他部落财物，胡作非为不听劝告，今率正义之师，誓必剿灭你这恶魔。
公孙轩辕亲自指挥，冲锋在前，以摧枯拉朽之势，打败了恶魔蚩尤部落，活捉了蚩尤。为了平民愤，公孙轩辕下令，把恶魔蚩尤就地正法。蚩尤部落一部分民众归顺了公孙轩辕，一部分民众南迁，现在不少南方的少数民族，据说就是蚩尤部落的后代。
公孙轩辕打败了蚩尤部落并杀死蚩尤，人民无不欢欣鼓舞，从此就可以过上太平日子。诸侯们都尊公孙轩辕为天子，正式取代神农氏，因公孙轩辕有五行中的土德之瑞，土是黄色，故称谓轩辕黄帝。被尊为天子的轩辕黄帝，以天下为己任，开始了对天下四方的平定。使万民归顺，天下归一。
轩辕黄帝最大的贡献，是完成了有史以来第一次统一。把伏羲氏历法，《易经》进一步完善提高。并用专人负责，把神农氏查病证，寻草药，制良方，进一步发扬光大，编制成《黄帝内经》。在后世历朝历代的名医共同努力下《黄帝内经》不断发展完善，终成宝典。