其实，不少人聪明人早已看出了其中的猫腻。别的不说，当初司马道子设计以江淮四郡为诱饵，让李徽出兵以抗桓玄东进。结果，李徽虽然同荆州兵马打了一场，最终却睁一只眼闭一只眼的允许荆州兵马借道东进。光是这样的举动，便足以说明李徽根本没有打算阻止桓玄。而桓玄如今掌控了京城，李徽又怎会出面反对他。这其中必定隐藏着一些不为人知的隐秘意图或者是利益的交换。那些希望李徽出面和桓玄对抗之人，显然是有些一厢情愿了。
在桓玄的召集之下，大晋地方官员陆续抵达京城述职。一些地方兵马也陆续抵达京城接受改编。事情进行的很顺利，效忠于己则用，态度不恭敬的便以朝廷的名义免职。绝大多数官员还是识时务的，甚少有人会不明白目前的情势。地方兵马数量虽不多，但一样不能容其失控。桓玄从荆州军中选派将领去地方领军，将地方郡兵县兵控制在手，可确保京外局势在掌控之中。
不过，也有让桓玄不满之处。一则是三吴大族态度倨傲。除了一些地方小族派来子弟表达恭敬态度之外，吴郡吴兴义兴等地大族居然无动于衷。吴郡顾氏陆氏等大族甚至都没有接见派去的人员，更别说前来京城了。
二则是会稽太守谢瑶手握上万重兵，拒不接受朝廷诏令。他不但不按照命令前来京城述职效忠，不率领兵马前来京城接受改编，反而对前往传达命令的官员表示：会稽郡养兵之资乃徐州所出，若要调动兵马，当需徐州刺史李徽首肯。如李刺史发令，自当遵从。所谓接受改编更不可能。
谢瑶还说，眼下会稽周边教匪余孽尚在，他需趁着春夏领军剿灭教匪，以免秋收之时教匪卷土重来，抢夺粮食，荼毒百姓。所以恕他无法前来京城述职云云。
桓玄很是恼火，跟卞范之说：“三吴大族不肯顺服，会稽谢瑶目中无人，三吴之地乃粮草财富之地，若不能令其屈服，如何掌控？谢瑶手握重兵，不肯归我，是为隐患。我欲派桓嗣领军前往，予以平定，范之以为如何？”
卞范之吓了一跳，忙道：“郡公欲此时同李徽反目么？”
桓玄皱眉道：“我自安定三吴，和他李徽何干？”