如此小心谨慎之下，舰队的行军速度自然慢了下来，但也化解了不少危机。被打残的元军水师已成惊弓之鸟，早就远远逃遁，但仍有不少悍勇之徒仍然驾了纵火船甚至爆破船，埋伏在隐蔽河湖汊地带，试图伏击霹雳军的战舰。这些偷袭的船只多数在远处便被击沉或被引爆，少数冲近的也被霹雳军的梭镖鱼型快船拦截。三日之后，霹雳军战舰对真州和镇江进行了炮击，而夏大根也完成了对扬州城的攻城准备。焦山距三地并不远，如果全速前进战舰当日之内便可赶到，之所以三日后才动手，是因为霹雳军给了真州和镇江守军三日投降之限，而在扬州城则是等侯李庭芝和姜才的淮东军到来。
自东晋衣冠南渡以来，扬州便愈发繁荣，有“扬一益二”之说，隋唐以来更成为天下首屈一指的大城，世人用“烟花扬州”来形容其兴盛。霹雳军崛起之后崇庆府繁荣日盛，人口增长甚快，在霹雳军十五年初已近五十万人，颇有盛唐时气象，却仍比不过扬州城。蒙元大军自汉入江后，扬州居民大批渡江南逃，还有不少人逃到霹雳军治下的流求、济州、琼州等地。眼下的扬州城虽然人口已不到十万人，但从巍峨高大城楼和长达数十里的城墙，便可看出其昔日的繁华。鉴于兵力不足，也因为不想麾下水兵伤亡过多，夏大根派人联系了宋淮东制置使李庭芝及其副将姜才，提议一南一北共攻扬州城。
此刻的李庭芝已身患重病，躺在床上的他一口否决了联手攻城的提议。虽然临安政权面临的局势危如累卵，但李庭芝仍不同意与霹雳军联手。表面的原因是元军势大，不可妄动。元军渡江之后，朝廷要求各地军马到临安勤王，李庭芝对此积极响应，并率数万人马南下，后被阻于扬州城北方的扬子桥。数场大战之后，